Ważne przemiany nastąpiły w gospodarce. Już w XV wieku we wszystkich typach dóbr żywiołowo rozwijały się folwarki, w których dominującym źródłem siły roboczej stała się pańszczyzna. Rosnący na Zachodzie popyt na polskie zboże i drewno wpływał na eksploatację coraz to dalszych obszarów. Rozwinął się eksport na zachód zboża i produktów leśnych – morzem, bydła i futer – lądem.

Rozpoczynający się w tym czasie rozwój hutnictwa wielkopiecowego wymagał dużych zasobów drewna opałowego, był więc możliwy tylko w obrębie wielkiej własności ziemskiej. Produkcja metalowa służyła przede wszystkim celom zbrojnym. Również dostawy sukna dla wojska wymagały gromadzenia kapitału umożliwiającego przeprowadzanie wielkich transakcji kredytowych. Rosnącą wśród szlachty potrzebę zbytku zaspokajał import i silnie rozwinięte, w oparciu o imigrację niderlandzką, rzemiosło gdańskie. Gdańsk posiadał również przemysł stoczniowy i kuźnice przerabiające szwedzką surówkę, był też dostawcą towarów kolonialnych, które szły z Lewantu na Lwów drogą lądową. Obserwowaną z coraz silniejszym natężeniem do końca XVI wieku orientalizację mody męskiej, zamiłowanie do wschodnich kobierców zaspokajał nie tylko przewóz z Turcji, Persji i Dalekiego Wschodu, ale i działające w 1. połowie XVII wieku manufaktury kobierców, pasów, kurdybanów, prowadzone przez Greków i Ormian we Lwowie, Brodach i Zamościu.

Wśród miast szczególną pozycję zajmował Gdańsk, największe, najbogatsze i w znacznym stopniu niezależne miasto Rzeczypospolitej. Coraz większą rolę w gospodarce odgrywali Żydzi, licznie napływający w XVI wieku, których duże skupiska powstały zwłaszcza w Krakowie. Poznaniu, Lwowie, Lublinie, Przemyślu i Jarosławiu.